生殖內分泌不孕中心是醫院重點科室之一，廣州醫科大學附屬第三醫院不孕不育專科技術聯盟單位，設立有女科門診、男科門診、中醫門診、超聲檢查室、不孕不育相關項目檢測實驗室等。
    中心現有專業技術人員15人，其中主任醫師5人，主治醫師4人、實驗室人員2人，超聲人員2人、護理人員2人。中心配備高清腹腔鏡、宮腔鏡；進口彩色超聲診斷設備；GE數值化X線攝影系統；貝爾曼全自動生化分析儀；精液分析系統；染色體自動分析系統等先進設備。    

    專科特色：
    女性不孕專科：主攻不孕不育各種病因診斷與診療，包括月經周期激素調控、促排卵藥物臨床應用、誘發排卵（OI）及控制性超促排卵（CHO）方案選擇和黃體支持治療；復發性流產的規范化診療；先兆流產的保胎治療；各種生殖道畸形矯正手術；各種生殖內分泌疾病的診治；同時開展輔助生殖技術（ART）之前的各項檢查服務；并有綠色轉診通道至聯盟醫院進行輔助生殖技術服務。開展不孕不育的宮腔鏡、腹腔鏡相關手術；開展周期卵泡監測等；開展X線下子宮輸卵管造影及實時三維子宮輸卵管超聲造影+宮腔造影等
    男性不育專科：開展男性性功能障礙、男性不育癥（弱精、少精、無精等）、前列腺疾病、陰莖疾病、陰囊睪丸疾病、附睪疾病及男性性傳播疾病的診治。
    實驗室：開展外周血染色體、精液細胞學、精子功能、生殖免疫、生殖內分泌、細胞遺傳學、微生物、睪丸功能評估等不孕不育相關項目檢查。